El origen de la Escuela Nacional de Comercio se encuentra en el Colegio Colón, institución de bachillerato, dependiente de la Universidad Nacional de Colombia, fundado el año 1893. El año 1905, el entonces presidente de Colombia, Rafael Reyes, de acuerdo con el rector del Colegio Colón, Víctor Mallarino, impulsó la creación de una institución que ofreciera formación industrial, comercial y financiera. Con este fin se fundó la Escuela Nacional de Comercio bajo el Decreto número 140 de 1905, del 9 de febrero.

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En el año 1905 la institución impartió dos modalidades de estudios: los llamados cursos regulares y cursos libres. El acceso a los primeros requería certificado de estudios primarios, los segundos se ofrecían a empleados de la industría y el comercio con constancia de haber aprobado 4° curso de bachillerato. En los años siguientes la escuela expidió títulos de Idoneidad Comercial, Bachiller en Ciencias e Idiomas Modernos y Licenciado en Comercio Superior. Desde su fundación y hasta 1963 fue una institución masculina, el año 1963 pasa a acoger también población femenina en los dos últimos cursos y desde el año 1978 en todos los cursos. Desde su fundación y hasta el año 2000 fue una institución confesional católica.

A partir de este momento la Escuela Nacional de Comercio sigue su andadura en solitario. Institución oficial, dependiente primero del Ministerio de Instrucción Pública, después del Ministerio de Educación Nacional y finalmente de la Secretaría de Educación de Bogotá, en la que aparece registrada en la Resolución 7341 del 29 de diciembre de 2003